在中國人民解放戰爭的最後階段，陳納德民航公司完全轉向支持國民黨的軍事行動和撤退計劃，積極參與了國民黨政權向台灣的緊急疏運。在南京和上海解放前夕及過程中，陳納德民航公司參與了國民黨軍政高層人員和重要物資向台灣緊急撤離的行動。有資料揭露他們涉嫌參與國民黨向台灣偷運黃金的空中運輸。最後陳納德民航公司也是唯一隨國民黨當局遷往台灣的民航企業。在遷到台灣後，陳納德民航公司幹的第一件大事，就是幫助台灣蔣介石政權爭奪在香港起義的「兩航」資產。